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El Club Baloncesto Málaga S.A.D. nace en 1992 como resultado de la fusión de los dos equipos malagueños existentes en la Liga ACB en las cuatro últimas temporadas (Caja de Ronda y Mayoral Maristas), siendo absorbida la franquicia sobrante de la fusión por la propia ACB.
El Caja de Ronda, denominación originaria del Unicaja, fue fundado en 1977, con el nombre de Sociedad Deportiva Caja de Ronda. Desde su creación sólo tardó cuatro temporadas en ascender a la máxima categoría del baloncesto español, hecho que se consigue en la temporada 1980-81.
El equipo estuvo dos etapas en la élite. La primera duró cuatro temporadas, para jugar las dos siguientes (1985-86 y 1986-87) en Primera División B. En la temporada 1987-88 retorna a la liga ACB, dando comienzo así la segunda etapa, en la que logró sus mejores clasificaciones y participó en la Copa Korac en dos ocasiones.
El Mayoral Maristas, por su parte, fue fundado en 1953 con el nombre de Ademar Basket Club. Cambió de nombre en 1972 y pasó a llamarse Club Baloncesto Maristas de Málaga. Subió a la Liga ACB en 1988, permaneciendo en ella cuatro temporadas hasta la unión con Caja de Ronda.
Ya como Baloncesto Málaga S.A.D., los logros más importantes, hasta el año 2005, fueron dos subcampeonatos de Liga ACB en las temporadas 1994/95 (3-2) y 2001/02 (0-3) y, por supuesto, la consecución de la Copa Korac en la campaña 2000/01 que supuso el primer título europeo para un equipo andaluz.
La temporada 2004/05 llegó la consagración del equipo como un grande del baloncesto español al conseguir la Copa del Rey en Zaragoza ante el Real Madrid y un año después la consecución del título de liga, uno de los éxitos más grandes del deporte andaluz, ante el Tau Cerámica (3-0).
La siguiente temporada, 2006/2007 el equipo alcanzó su mejor clasificación en Europa después de participar por primera vez en una Final Four, que este año se disputó en Atenas, y en la que el Unicaja acabó tercero al ganar la final de consolación al Tau Cerámica, un logro que puede considerarse casi como un título.
El patrocinador del equipo es UNICAJA. Esta entidad aporta la mayor parte del presupuesto del equipo cada temporada.
La clasificación en la Liga ACB en las últimas temporadas ha sido:
| Temporada | Posición | Otro dato |
|---|---|---|
| 2010-2011 | 8º | Clas. Euroliga |
| 2009-2010 | 4º | Clas. Euroliga |
| 2008-2009 | 3º | Finalista Copa del Rey - Clas. Euroliga |
| 2007-2008 | 4º | Clas. Euroliga |
| 2006-2007 | 8º | Final Four Euroliga - Clas. Euroliga |
| 2005-2006 | 1º | Campeón ACB - Clas. Euroliga (trienio asegurado) |
| 2004-2005 | 4º | Campeón Copa del Rey - Clas. Euroliga |
| 2003-2004 | 4º | Clas. Euroliga |
| 2002-2003 | 3º | Clas. Euroliga |
| 2001-2002 | 2º | Finalista ACB - Clas. Euroliga |
