El curso 2025/26 comenzó con muchas novedades en la plantilla, con los fichajes del escolta Chris Duarte (ex NBA procedente del Vaqueros de Bayamón puertorriqueño), el combo Xavier Castañeda (del JL Bourg Basket francés) y los ala-pívots James Webb III (del Liaoning Leopards chino) y Emir Sulejmanovic (del Casademont Zaragoza). Por otro lado, abandonaron el Club Tyson Carter (Estrella Roja de Belgrado), Dylan Osetkowski (Partizan de Belgrado), Melvin Ejim (Hiopos Lleida) y Kameron Taylor y Yankuba Sima (Valencia Basket).
Por segunda temporada consecutiva el Unicaja dio sus primeros pasos en competición oficial en Singapur, donde disputó la Copa FIBA Intercontinental en calidad de campeón de la BCL 2024-25. Allí lograría imponerse en la fase de grupos al campeón de África, el Al Ahli SC (61-73) y al de Asia, el Utsunomiya Brex (68-97), unos resultados que llevaron nuevamente al equipo a enfrentarse en la final por el título al combinado NBA G League United. De nuevo, los malagueños consiguieron imponerse a los estadounidenses por 61 a 71, consiguiendo el cetro continental por segunda vez en su historia, sumando así el 11º título de la historia del Club. Tyler Kalinoski fue designado MVP de la final gracias a sus 12 puntos, 3 rebotes y 2 asistencias.
Apenas seis días después, el Unicaja participaría en la Supercopa Endesa, torneo en el que, además, lo hacía como vigente campeón del título el curso anterior y también en calidad de anfitrión, ya que se disputó en el Martín Carpena. Allí aguardaba en la semifinal el Valencia Basket, ante el que disputó un intenso encuentro que finalmente se resolvió a favor de los levantinos por 87 a 93, quienes posteriormente se proclamarían campeones de la cita.
Ya a comienzos de octubre tendría lugar el pistoletazo de salida de la Liga Endesa, en una temporada marcada por las numerosas lesiones que azotaron a la plantilla (especialmente a David Kravish, 6 meses de baja por una fractura en el peroné de la pierna derecha), lo que unido al bajo rendimiento de Xavier Castañeda (cedido al MoraBanc Andorra), obligaron a incorporar a mitad de curso al escolta Chase Audige (procedente del Bosna Sarajevo bosnio), el pívot Augustin Rubit (del Lietkabelis lituano) y el base Justin Cobbs (del Mersin turco). Pese a los problemas, el equipo logró clasificarse para la Copa del Rey tras completar una primera vuelta con 11 victorias y 6 derrotas.
En la Copa del Rey, que se disputó en el Roig Arena de Valencia, el Unicaja se enfrentaría en los cuartos de final al Real Madrid, cabeza de serie y uno de los grandes candidatos al título. Pese a la ilusión por poder revalidar el título conquistado un año antes en Gran Canaria, los malagueños, mermados físicamente con las lesiones de Tyson Pérez, David Kravish y Killian Tillie y Alberto Díaz que volvió a vestirse ese día, no pudieron competir contra todo el arsenal blanco, cayendo eliminados tras perder 100 a 70.
En la BCL, el Unicaja protagonizó una gran primera fase en la que acabó líder invicto (6-0), mientras que en el Round of 16 de la competición también consiguió el primer puesto (4-2), con el que logró clasificarse para los cuartos de final. Allí el equipo se midió al ALBA Berlín, una eliminatoria que se resolvió por 2-0, lo que supuso la clasificación por cuarta temporada consecutiva para la Final Four de la BCL, que tendría lugar en Badalona. Una vez allí, aguardaba en semifinales el AEK de Atenas, en lo que sería una reedición de la Final Four del año anterior, aunque esta vez salió cruz para los malagueños, que perdieron 78 a 65, quedándose a las puertas de luchar por el título. En el encuentro por el tercer y cuarto puesto, el Unicaja conquistó el bronce al vencer a La Laguna Tenerife por 80 a 85. Además, la competición premió a Kendrick Perry como Mejor Defensor de la temporada y también fue incluido en el Mejor Quinteto de la Década de la BCL. Asimismo, Chris Duarte fue incluido en el Segundo Mejor Quinteto de la temporada.
En la segunda vuelta de la Liga Endesa, el equipo se vio afectado por la irregularidad y los continuos problemas físicos de muchos de los jugadores, sobre todo en los dos últimos meses, lo que provocó que el equipo finalizase con un balance de 17 victorias y 17 derrotas en novena posición, quedándose fuera de los puestos de Playoff para el final de la liga regular.
De esta forma, concluyó una temporada agridulce en la que se consiguió un título, la Copa FIBA Intercontinental, se disputó la Final Four de la BCL y la fase final de la Copa del Rey y la Final Four de la BCL, aunque no se pudo conseguir el pase al Playoff de la Liga Endesa. Como dato destacado, Ibon Navarro se convirtió en el entrenador con más victorias en la historia del Club, al alcanzar las 180 en 261 partidos, lo que supuso un porcentaje de triunfos del 68,97%, también el más alto del Unicaja.